Gert Jan Kramer studeerde natuurkunde in Leiden waar hij in 1988 promoveerde op een onderwerp uit de vastestoffysica. Tot 2016 werkte hij op het Amsterdamse technologiecentrum van Shell (thans STCA). Achtereenvolgens werkte hij op het gebied katalyse van olieconversieprocessen, reactor engineering en gasprocestechnologie. Vanaf 2000 verschoof zijn aandacht naar alternatieve brandstoffen (o.a. waterstof) en technologie assessment van hernieuwbare energie. Van 2010 tot 2016 was hij verantwoordelijk voor technologie assessment van alternatieve energie voor de Shell groep. Naast zijn werk bij Shell was Gert Jan vanaf 1998 tot 2010 deeltijdhoogleraar aan de Technische Universiteit Eindhoven en, van 2010 tot 2016 aan het Centrum voor Milieukunde van de Universiteit Leiden.

Sinds mei 2016 is bij hoogleraar Duurzame Energievoorziening aan het Copernicus Instituut voor Duurzame Ontwikkeling aan de Universiteit Utrecht. Vanaf 1 januari 2018 is hij hoofd van de Energy & Resources groep binnen dit instituut. Zijn interessegebied is de energietransitie als technisch en socio-technisch fenomeen. Zijn huidige onderzoeksthema’s zijn o.a. toekomstige energietechnologieën, met speciale interesse in de rol van koolstof in het toekomstig energiesysteem en de energietransitie, met speciale aandacht voor de transformatie van de Nederlandse industrie.